Η δημιουργία ερευνητικών δομών, ικανών να διασφαλίσουν την επιστημονική αριστεία του ΙΔΕΠ στον Ενιαίο Ευρωπαϊκό Χώρο Έρευνας (Εuropean Research Area), αποτελεί έναν από τους κυριότερους στρατηγικούς στόχους του ΙΔΕΠ. Η δημιουργία κρίσιμης ερευνητικής μάζας σε μία νέα τεχνολογική περιοχή και ο συντονισμός των ερευνητικών προγραμμάτων διασφαλίζονται με τη λειτουργία εννέα εργαστηρίων που οργανώνονται σε τέσσερις επιστημονικές και τεχνολογικές κατευθύνσεις: